Trong mùa giải 2016 sẽ có 1,5 suất xuống hạng. Đội xếp thứ 14 chung cuộc sẽ trực tiếp xuống tham gia mùa giải V.League 2 2017. Còn đội xếp thứ 13 chung cuộc sẽ phải thi đấu trận Play-off với đội đại diện V.League 2 2016 để giành quyền tham gia V.League 1 mùa giải tiếp theo.

Bóng thi đấu chính thức từ mùa bóng 2016 được tài trợ bởi hãng Grand Sport (Thái Lan). Một số đội bóng đã bắt đầu quan tâm đến hình ảnh của câu lạc bộ bằng cách hợp tác với nhà tài trợ sản xuất trang phục thi đấu như: Than Quảng Ninh (Joma),Becamex Bình Dương (Kappa), Đồng Tháp (CODAD), Long An (Kappa), Hải Phòng (Mitre),... Cũng trong mùa giải 2016 này, Công ty Cổ phần Bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam hợp tác với Sportradar - công ty chuyên nghiên cứu, phân tích các dữ liệu thể thao - nhằm thể hiện quyết tâm phòng ngừa, ngăn chặn những hành vi tiêu cực trong giải đấu.

Từ mùa bóng 2016, toàn bộ các cầu thủ, trọng tài, giám sát tham gia thi đấu và điều hành các trận đấu tại V.League 1 2016 được trang bị bảo hiểm thân thể, rủi ro khi thi đấu với mức chi trả lên đến 300 triệu đồng/mùa cho 1 cầu thủ và 200 triệu đồng/mùa đối với trọng tài hoặc giám sát. Toàn bộ số tiền tham gia bảo hiểm do Công ty Bảo hiểm Hùng Vương tài trợ.

Ngày 31 tháng 3 năm 2016 công ty cổ phần phát triển bóng đá Hà Nội đổi tên thành công ty cổ phần phát triển bóng đá Sài Gòn vẫn thuộc sở hữu của ông chủ Nguyễn Giang Đông, đồng thời công ty gửi công văn tới liên đoàn bóng đá Việt Nam đề nghị chuyển địa điểm và tên gọi ngay giữa mùa giải bóng đá vô địch quốc gia 2016.[2][3] Ngày 4 tháng 4 năm 2016, liên đoàn bóng đá Việt Nam đồng ý để câu lạc bộ Hà Nội đổi tên thành câu lạc bộ bóng đá Sài Gòn và đăng ký sân vận động Thống Nhất làm sân nhà thi đấu tại V.League-1 2016.[4]